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Los esteros -más de 50.000 hectáreas- son grandes depósitos de agua estancada con una profundidad de hasta tres metros, cubiertos por gran cantidad de plantas acuáticas flotantes o que surgen desde el fondo.
Hay también camalotales, formaciones flotantes que ocultan la superficie del agua y que se forman por desprendimiento, en las orillas de los ríos y lagunas.
Las lagunas -más de 30.000 hectáreas- cubren una cuarta parte de la superficie de la reserva con costas bien delimitadas que frecuentemente están formadas por embalsados.
Estos últimos, los embalsados, se originan en los camalotales sobre los que se deposita tierra aportada por el viento o arrastrada por el agua, lo que posibilita el arraigo y crecimiento de varias especies de plantas, incluso algunos árboles como el ceibo, el laurel y el curupí.
La flora es muy variada. Sobre la superficie del agua pueden verse irupés o nenúfares, camalotes, lentejas, repollitos, lirios, jacintos de agua y pequeños helechos; sobre los embalsados pajonales, achiras, yuyales y árboles como laureles, sarandíes y totoras grandes. En las islas se ven ombúes y sobre las costas jacarandáes, lapachos, ceibos, sauces, curupíes, timbóes, guayabíes y urundays. Las palmeras más comunes son el yatay, pindó y caranda.
La fauna es también muy rica. Destaca el yacaré con dos especies; el carpincho, el mayor roedor del mundo; el ciervo de los pantanos, el mayor de los sudamericanos; el lobito de río; el mono aullador negro; la corzuela parda; el gato montés y el lobo de crin o aguará-guazú.
Un capítulo aparte merecen las aves. Se observan y se oyen centenares de ellas de más variado colorido; desde las más grandes como el ñandú, un ave corredora parecida al avestruz pero de menor tamaño; distintos tipos de garzas, la cigüeña americana, varias especies de aguiluchos, becasinas, carpinteros, martín pescador, picaflores, urracas zorzales y una gran variedad de patos y de aves autóctonas de nombre indígena.
Las víboras y los anfibios lógicamente también están presentes.
A 120 kilómetros de la ciudad correntina de Mercedes y a un costado de la reserva se encuentra el Centro de Interpretación Iberá que cuenta con un salón de exposición con material de interpretación gráfica que ilustran sobre la historia, geografía, fauna, flora y otros aspectos de la región. Desde allí parten senderos de interpretación a través del monte y bordeando la laguna para observar la diversidad biológica de su flora y fauna.
También se pueden hacer paseos acuáticos guiados por baqueanos para observar las aves y plantas acuáticas y tener la oportunidad de caminar sobre los embalsados. Otras actividades posibles son las cabalgatas y los safaris fotográficos y la pesca con mosca.
Cruzando la laguna a través del "pedraplen" y el puente se llega a Colonia Carlos Pellegrini, una población de menos de 1.000 habitantes. Desde allí se realizan más travesías guiadas y el viajero puede alojarse en cabañas típicas.
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