Las características climáticas y ecológicas que prevalecen en la Provincia de Jujuy han determinado cuatro zonas diferenciadas con su propia fauna y flora.

ZONA DE LOS VALLES TEMPLADOS
Comprende los departamentos Dr. Manuel Belgrano, Palpalá, El Carmen y San Antonio, y posee el mayor porcentaje poblacional de la provincia. La superficie total de la zona es de 3,986 kilómetros cuadrados. Su clima es templado y subtropical serrano, con lluvias de tipo monzónico entre 500 y 1,000 mm anuales.

El cultivo principal de la zona es el tabaco claro Virginia, uno de los cultivos de mayor importancia socioeconómica de la provincia.

En el sector, se desarrollan además diferentes cultivos y actividades complementarias como la producción de hortalizas, cereales de invierno, legumbres, granos y frutas.

La actividad forestal está representada por rodales de eucaliptos, que son utilizados para fabricar carbón; y coníferas, en especial pinos, para la extracción celulósica.

En cuanto a la fauna existen zorros, liebres, conejos, chanchos del monte, corzuelas, pumas o leones americanos, y diferentes especies de gatos monteses. Aves como perdices, palomas, gavilanes, pavas de monte, aguiluchos, patos, garzas, loros y ñandúes llamados "suris".

ZONA SUBTROPICAL O DE LOS VALLES CÁLIDOS
Entre los departamentos de San Pedro, Ledesma, Valle Grande y Santa Bárbara existe una superficie total de 10,809 kilómetros cuadrados. El clima es subtropical, con estación seca.

El principal cultivo es la caña de azúcar, con grandes complejos agroindustriales. Los ingenios poseen alta tecnología, y se obtienen diversos productos como azúcar, mieles, alcoholes y papel de bagazo de caña. La actividad citrícola y la producción de hortalizas constituyen la segunda ocupación de la zona.

La fauna está representada por grandes felinos como el yaguareté o tigre americano, puma, gato orza, numerosos reptiles como las boas, yacaré, iguanas: o mamíferos como el oso hormiguero, pecaríes, carpinchos y tapires. Aves como tucanes, loros, pavas del monte, y una abundante cantidad de pájaros de diferentes especies.

ZONA DE LA QUEBRADA DE HUMAHUACA
Comprende los departamentos de Tilcara, Tumbaya y Humahuaca y parte de la capital de provincia. El clima es semiárido, con lluvias sólo en los meses de enero, febrero y marzo, y una media de 250 mm.

La actividad agrícola está representada por la producción de ajo, cebolla, haba, zanahoria, papa, lechuga, acelga, legumbres, cereales, maíces dulces, quinas y papas criollas. Los frutos son las peras, manzanas, duraznos y ciruelas.

La flora de la quebrada es abundante y más exuberante en los valles. Predominan las cactáceas, y se le considera el rey de las mismas al cardón (Cactus cereus) que alcanza en la región gran altura. Este, produce madera apta para varios usos, y un fruto comestible.

La ganadería destaca por la producción de llamas, vacunos, caballares, ovinos y caprinos de raza criolla. La fauna comprende llamas, vicuñas, guanacos, tarucas, pumas, cóndores, hurones, quirquinchos, chinchillas y vizcachas. Las aves son los tucanes, loros, pavos del monte, águilas, patos, colibríes, calandrias, flamencos.

ZONA DE LA PUNA
Forman parte de la Puna los departamentos de Yavi, Santa Catalina, Cochinoca, Rinconada y Susques, con un total de 20,146 kilómetros cuadrados, y una densidad de 1.62 habitantes por kilómetros cuadrado.

Es una meseta elevada no menor a los 3,000 metros, interrumpida por cordones montañosos orientados de norte a sur, entre los que se manifiestan depresiones que dan lugar a lagunas y salares. El clima es árido. El régimen de lluvias varía de 250 a 400 mm.

En los valles pequeños, de microclima más benigno, se producen interesantes especies como la quinua, papa, oca, papa verde, cebada, habas, zanahorias, trigo de verano y alfalfa. La flora, aunque variada, puede resumirse en una estepa arbustiva muy erosionada con pocos ejemplares arbóreos, y en los sectores más inhóspitos se restringe a especies herbáceas resistentes a la aridez, plantas espinosas, musgos y líquenes, la tala y la paja brava.

La fauna esta constituida por camélidos silvestres como las vicuñas y los guanacos, chinchillas, vizcacha de la sierra o chinchillones, y numerosas especies cavadoras como el toja toja, cuises, etc. Las aves lacustres son muchas en los espejos de agua de la puna, flamencos o parinas, avutardas andinas y guayatas, patos gallaretas y garzas. En las grandes cumbres predominan los rapaces como cóndores y águilas, y las bandas de suris alrededor de las lagunas.